L'abside di forma semicircolare (tipica pianta francescana) è decorata da un affresco raffigurante il Giudizio Finale di Cesare Sermei (1623) e ornata, nella parte inferiore, da un bel coro ligneo intagliato e intarsiato nel 1471 da Apollonio Petrocchi e aiuti; sopra l'abside si trova l'affresco San Franceso in gloria di Giotto.