Fin dal 1230 le spoglie mortali San Francesco sono qui custodite. Ai quattro angoli della cripta, sono stati sistemati i corpi dei Beati Frati Angelo Leone, Masseo da Marignano, e Rufino.
Alle splendide decorazioni della Basilica hanno collaborato i più illustri artisti del tempo da Giotto a Cimabue a Simone Martini.
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