I cicli pittorici contenuti nella chiesa la rendono un unicum assoluto. Essa raccoglie, infatti, in uno stesso luogo le testimonianze di un'epoca artistica. Il transetto è interamente decorato da affreschi di Giotto e della sua scuola, ad eccezione del primo riquadro in basso a destra, raffigurante la Madonna in trono con quattro angeli e San Francesco, opera della maturità di Cimabue.