由于东、西罗马帝国政治、语言、社会等方面的差异，以罗马为中心的西派教会认为自身高于其他教会，而以君士坦丁堡为中心的东派教会则认为各教会相互平等，因而东西教会一直为争夺最高教权而不和，终于在1054年正式分裂。在拜占廷帝国时期，东正教是帝国国教，它在很大程度上依附于世俗政权，大主教的任免，主教会议的召开，对教义的解释，均由皇帝控制掌握。日常领导则由牧首负责。早期主要牧首区有4个，即君士坦丁堡、亚力山大里亚、安提阿和耶路撒冷。15世纪拜占廷帝国灭亡后，各国家、地区和民族先后成立自主教会。16世纪末，莫斯科都主教脱离君士坦丁堡自立，建立牧首区，形成使用斯拉夫语的俄罗斯正教会，东欧各国正教亦陆续宣布自主。各自主教会在法规和行政方面有独立自主权，并可自选大主教，但彼此之间在信仰和圣事上是共同的。东正教自主教会有15个，即君士坦丁堡正教会、亚历山大正教会、安提阿正教会、耶路撒冷正教会、俄罗斯正教会、格鲁吉亚正教会、塞尔维亚正教会、保加利亚正教会、罗马尼亚正教会、塞浦路斯正教会、希腊正教会、阿尔巴尼亚正教会、波兰正教会、捷克斯洛伐克正教会、美国正教会，另外在日本和芬兰也有自治教会。20世纪60年代，东正教各教会曾联合召开了几次世界性会议，讨论使其教义、礼仪符合时代要求，与罗马天主教平等对话以及参加“普世教会运动”等问题。

 

东正教不承认罗马教皇的权威和领导，它自设牧首区，牧首区下辖数个首府主教区。主教区首脑为主教，以下是司祭和辅祭。东正教各牧首区承认君士坦丁堡牧首为“普世教会牧首”，是教会的精神领袖。但这仅仅是一个荣誉地位，普世牧首并不对其他牧首区具有任何实际的领导权。

 

在信仰教义上，东正教特别重视对圣母诞神女玛丽亚的敬礼，注重道成肉身教义的意义，不强调人的原罪，因而不十分强调“赎罪论”。正教强调信徒的得救在信靠上帝的拯救同时，应通过自身的善行作为外在的表现。在基督论方面，东正教坚持并只承认教会成立后8个世纪的7次公会议所阐明的教义，强调三位一体。谴责西方教会将《尼西亚信经》“圣灵自父而发”改为“圣灵自父子而发”的行为。

 

东正教有七种圣事，即洗礼、涂油礼、圣体血、告解、终傅、神品、婚配。

 

东正教的圣体血同天主教的弥撒有一些不同，其中使用发酵面饼祝圣为圣体(天主教使用无酵面饼)，主张平信徒与司祭同领圣血(天主教通常只有司祭领圣血，平信徒只领圣体)。

 

东正教在洗礼时，受洗者的身体要完全浸入水中，而一般不赞成采用天主教的注水礼(只对头部施洗)。涂油礼时额、眼、鼻、嘴、耳、胸、手足均要涂油，其余圣事与天主教相似。

 

东正教重视对圣像的敬礼。与天主教目前多采用文艺复兴后比较写实风格的绘画与塑像不同，东正教的圣像多为拜占廷帝国时期的传统风格。此外，东正教通常反对对塑像进行敬礼。

 

东正教比较强调礼仪的神秘气氛。教堂陈设布置庄严华丽，宗教服饰引入注目。

 

东正教节日繁多，除耶稣诞生、受难、复活、升天等节日外，还有圣母圣诞瞻礼、圣母献堂瞻礼、圣母行法瞻礼、圣母领报瞻礼、圣母升天瞻礼和许多圣人的瞻礼日。

 

东正教在复活节前的斋期内不允许食用肉蛋类，在斋期之外不允许饮用和食用血和血制品。

 

东正教反对天主教会倡导的“所有神职人员均需独身”，其神职人员分为出家、在家两个系统。结婚的在家者可成为诵经士、副辅祭、辅祭、大辅祭、司祭、大司祭，出家修行者，可成为修士、修士辅祭、修士大辅祭、修士司祭、修士大司祭、主教、大主教、督主教(牧首派驻国外教区的代表)、都主教、牧首。