1825年底到1826年初，普希金写完了《叶甫根尼·奥涅金》第五、六章。小说的第一部分到此结束。在米哈伊洛夫斯克村的最后几天，他创作了诗歌《先知》。

　　1826年9月3日夜，普斯科夫省省长 Б ．A．阿杰尔卡斯的信使赶到米哈伊洛夫斯克村下达指令：普希金需在机要信使的陪同下前往莫斯科，新任沙皇尼古拉一世要召见他。普希金于9月8日抵达莫斯科后立即受到沙皇的接见。此后，他受到了最高当局的庇护，其作品免受一般的新闻检查。也正是在这几年，普希金对力主改革的彼得大帝产生了兴趣。普希金此时已经开始创作关于他的曾祖父汉尼拔的作品，彼得大帝成为这部作品及其后创作的长篇叙事诗《波尔塔瓦》的主人公。

　　普希金开始往返奔波于莫斯科和彼得堡，有时回趟米哈伊洛夫斯克村，他曾亲临俄土战场(1828年俄土战争爆发)，还常去中国使馆。1829年，他只身前往高加索。这一时期，诗人的创作发生了新的转变。一方面，他从社会和历史的角度对现实进行理性的剖析；另一方面，他也发现对周围世界往往无法作出合理的解释，意识到现实的复杂性。这使得他的作品透露出一种不安的预感，充满了幻想和对过往岁月痛苦的、有时甚至是病态的回忆，以及对死亡的浓厚兴趣。

　　1827年，当局开始就《安德烈·申耶》一诗展开调查。该诗是普希金于1825年在米哈伊洛夫斯克村创作的，诗中提到对1825年12月14日事件的反思。1828年，当局看到了他在基什尼奥夫写下的讽刺叙事诗《加甫利里亚德》。在普希金作出解释后，最高当局下令停止对这两部诗作的调查，但诗人从此开始受到宪警的秘密监视。

　　普希金意识到，他必须改变自己的生活。1830年，他第二次向18岁的莫斯科美女纳塔利娅·尼古拉耶夫娜·冈察洛娃求婚，得到对方的同意。当年秋天，他前往父亲在下诺夫哥罗德的领地波尔金诺村去办理接收附近的基斯捷涅沃村的手续，那是他父亲送给他的结婚礼物。结果因霍乱流行、交通封锁而在那里耽搁了三个月。这三个月被后人称为“波尔金诺之秋”，是普希金创作的高潮时期，他创作了一系列作品，其中包括《别尔金小说集》、“小悲剧”系列、《叶甫根尼·奥涅金》的最后两章、《科洛姆纳的小屋》、《戈留辛诺村的历史》、《神父和他的长工巴尔达的故事》，此外还有30多首短诗和一些评论文章的提纲。

　　普希金在波尔金诺创作的作品风格和韵律各不相同，这仿佛是他故意而为之。不过这些作品主要分为两种风格：一种跌宕起伏，一种平和朴实，二者形成鲜明对比。这是普希金创作的两个极。

　　《别尔金小说集》是普希金留给我们的第一部完整的散文作品。他此前也曾不止一次尝试散文创作。早在1821年，他就确定了自己的散文创作原则：“准确和简洁是散文语体的最主要的优点。它要求的除了思想还是思想。如果没有主题思想，再华丽的辞句也是无的放矢。”这部小说集同时也是一个碌碌无为的普通人的一部独特的回忆录，讲述的是主人公听到的一些在他看来不平凡的故事。

　　1831年2月18日，普希金在莫斯科与冈察洛娃成婚。同年春天携妻子移居彼得堡，在皇村租下一栋别墅。普希金在那里写下了《奥涅金的信》，彻底完成了《叶甫根尼·奥涅金》这部诗体长篇小说的创作。普希金称这部小说是他8年来的“忠实伴侣”。

　　20年代末期，普希金在创作过程中试图对现实重新加以理解，这需要他更深入地去了解历史，因为通过追溯历史，可以找到当代许多根本性问题的源头。1831年，他获准到档案馆工作，重新获得公职，身份为“历史编纂员”，受命编辑《彼得大帝史》。当时可怕的霍乱流行以及将俄罗斯置于对欧战争边缘的波兰事件使诗人对国家命运忧心忡忡。在这种情况下，普希金认为强有力的政权是俄罗斯的救星。他的诗歌《在圣坛前……》、《致诬蔑俄罗斯的人》、《博罗金诺周年祭》等均反映了这一主题思想。后两首诗与B．B．茹科夫斯基的一首诗被单独编辑成一本名为《攻占华沙》的小册子。普希金因此而遭到指责，批评者称他此举为政治背叛行为。这使得他在西方的声望下降，他在俄罗斯国内的名誉也在一定程度上受损。而与此同时，与第三厅(政治监视与侦察机关)有关联的俄罗斯作家Ф ．B．布尔加林却指责他奉行自由主义主张。