俄罗斯的第十位沙皇，罗曼诺夫王朝的第二位沙皇就是阿列克谢·米哈伊洛维奇·罗曼诺夫。1629年3月19日，阿列克谢生于莫斯科。作为皇子，阿列克谢从幼年起就收到了良好教育。他的父亲，沙皇米哈伊尔任命当时最著名的学者莫罗佐夫担任老师。在莫罗佐夫指导下，阿列克谢自五岁起开始识字，起初读的都是圣经里的诗篇和使徒行传，七岁开始学习写字，九岁开始在教堂唱诗班学习。等到他十二岁的时候，把他读过多的书积攒起来，足够建立起一个小型的家庭图书馆。此外阿列克谢还学习语法，地理，外交礼仪，乐器演奏、骑射等科目。这样阿列克谢在少年时代就成为当时俄罗斯最有学识的人之一。

1643年，沙皇米哈伊尔下诏，晓谕全国，阿列克谢被正式立为皇储。时隔两年，1647年夏，沙皇米哈伊尔病逝，年仅十六岁的阿列克谢继位，成为罗曼诺夫王朝的第二位沙皇。

十七世纪中期的俄罗斯虽然摆脱"混乱时代"已三十年，但是在总体上仍然萎靡不振，隐患四伏。对外方面，在北方有强敌瑞典，占领着从普斯科夫-诺夫哥罗德一线以北、波罗的海沿岸的大片土地，牢牢地控制着通往欧洲的商道；向西就是世仇波兰和立陶宛王国，占领着斯摩棱斯克为首的一系列重镇，时刻威胁莫斯科；西南是藩属于波兰的乌克兰，来乌克兰大草原上的哥萨克骑兵对莫斯科也是一个严重威胁；南面就是几个世纪内无数次侵袭俄罗斯的土耳其藩属国克里木汗国；只有南方草原上是听命于莫斯科，但仍独立于沙皇俄国之外的顿河哥萨克人。

在内政方面，朝政松弛，盗贼横行，外加国库空虚，民情疲惫，虽然在沙皇米哈伊尔统治时期国家元气有所恢复，但总体上情况没有根本好转。

少年沙皇阿列克谢对解决这些问题毫无准备，只好将朝政委托给顾命大臣，也就是他的老师莫罗佐夫处理。莫罗佐夫虽然很有学问，具有丰富的从政经验，但还是犯下了严重的错误。莫罗佐夫除了总揽朝政以外，还身兼多职，逐渐在他的庇护下，手下人日益骄横，多有贪污枉法之举。1646年2月7日，在莫罗佐夫主持下，大贵族杜马通过了新的盐税法令。这项法令出台的目的是为了增加国库收入，规定对盐商收取高税，税率比盐的市场价格还要高出1.3倍。莫斯科盐商对莫罗佐夫本已颇为不满，后来又有传言说增税的主要原因是沙皇未来的岳父，米洛斯拉夫斯基大公贪污大量国库公款。三月莫斯科城中发生盐商暴动，暴动人群洗劫了莫罗佐夫住宅，杀死了杜马书记官奇斯特和御前侍臣普列谢耶夫。此后盐商们又要求沙皇交出莫罗佐夫。阿列克谢当然不能把莫罗佐夫交出来，他只是下诏将莫罗佐夫流放到一所修道院，以此平息众怒，随后又下诏把盐税回复到原来的水平。在盐商暴动平息后，阿列克谢又低调地把莫罗佐夫接回莫斯科，重新加以任命，但莫罗佐夫从此不再独揽大权，沙皇阿列克谢开始亲政。

就在这一年，一位来自阿尔汉格尔斯克附近科热奥泽尔斯基修道院的院长尼孔来到莫斯科。按照当时的习俗，各地刚刚就任的修道院的院长要首先进京觐见沙皇，尼孔神父就是为此前来莫斯科的。在觐见沙皇时，尼孔神父给年轻的沙皇阿列克谢留下了良好印象，沙皇提出尼孔神父可以留在莫斯科。此后大牧首约瑟夫根据沙皇的意思，委派尼孔神父担任新斯帕斯基修道院大修士司祭。

在莫斯科，尼孔神父加入了一个由大贵族和神职人员组成的集团，他们主张统一各地教会宗教法事的章程，加强对民众的宗教教育，主张严格的宗教生活，并翻译了大量的宗教书籍。

沙皇阿列克谢是个虔诚的东正教徒，严格按照东正教的教规安排自己的饮食起居和处理日常政务。尼孔神父获得了沙皇的信任，按照沙皇的命令，他每个星期五都去克里姆林宫和沙皇讨论问题，起初只是宗教问题，后来尼孔神父逐渐开始和沙皇讨论国政。

1652年4月，莫斯科及全俄东正教大牧首约瑟夫病逝。教会的领导人和朝中贵族们揣测沙皇的心思，一致推举尼孔神父出任大牧首。

尼孔神父就任东正教大牧首后，开始着手推行教会改革。改革的主要方向就是把莫斯科教廷东正教的各种典章制度按照拜占庭方式加以改革，统一各地教会宗教活动。大牧首尼孔的改革活动在大贵族和教会中间引发了恐慌，因为此前人们一致认为莫斯科就是第三个罗马，是拜占庭帝国的继承人，但高于拜占庭，现在要把莫斯科教廷的宗教礼仪按照拜占庭方式改革，是不能被接受的。尼孔还提出，俄罗斯沙皇应该成为整个东正教世界的统治者，而俄罗斯的首都应该定于康斯坦丁堡，莫斯科及全俄东正教大牧首相应地应该成为整个东正教世界的精神领袖。尼孔的这个想法得到了沙皇的支持。
在1654年俄罗斯-波兰战争爆发后，沙皇阿列克谢率兵亲征，在此期间大牧首尼孔成为实际上的政府首脑。尼孔推行的改革措施引发了莫斯科贵族和教会的不满，进一步造成了东正教会分裂。最终拒绝尼孔公改革的旧礼仪派从莫斯科东正教会中分裂出去。大牧首尼孔对旧礼仪派开始大规模的迫害，审判并处死了旧礼仪派的领袖，但旧礼仪派的信徒们还是没有服从尼孔，他们为躲避迫害，从莫斯科逃亡各地。

此后，大牧首尼孔提出神权应该高于世俗权利，这实际上就是表明教会的权力要高于君权。沙皇阿列克谢明确提出反对，并逐渐冷淡了同大牧首尼孔的关系。自1660年开始，莫斯科教会开始了对尼孔的审判。审判前后共持续了6年，最终剥夺了尼孔的大牧首职位并将其流放到一座偏远的修道院。1681年，尼孔神父病逝于返回复活修道院的途中。

十七世纪中期，波兰立陶宛王国日渐衰弱。1647年末，乌克兰哥萨克的一名百夫长波格丹·赫梅尔尼茨基逃亡到克里木，借助克里木鞑靼人的力量，重返乌克兰，当上了扎巴罗热哥萨克人的酋长。赫梅尔尼茨基率领扎巴罗热哥萨克人，开始了反对波兰的武装起义。但哥萨克人在攻占数座城市后遭到波兰军队的打击，形势紧迫之际赫梅尔尼茨基决定向俄罗斯沙皇求助，要求沙皇同意将扎巴罗热为中心的东乌克兰并入俄罗斯领土。1653年10月1日，俄罗斯决定接受赫梅尔尼茨基的请求，所有的扎巴罗热哥萨克人都成为沙俄公民。俄罗斯的决定实际上就是等于向波兰宣战。1654年5月，沙皇阿列克谢率军亲征波兰，第一个目标就是斯摩棱斯克。9月，俄军攻陷斯摩棱斯克，波兰守军投降。

1655年夏，俄军攻陷维尔诺（今维尔纽斯），此后又攻陷了数座波兰城市。在沙皇阿列克谢返回莫斯科后，瑞典国王卡尔十世又率军进攻波兰，一度攻克波兹南、华沙和克拉科夫。俄罗斯非常担心瑞典在击败波兰以后将东进，进攻俄罗斯，于是沙皇阿列克谢再度于1656年率军出征，试图借机收复波罗的海沿岸领土，以便在将来同瑞典的抗衡中占据有力的地理位置。这一次俄军攻陷了里加，但是很快传来消息说，卡尔十世率军正在归途，向里加方向进发。俄军实力远远不如瑞典军队，阿列克谢被迫从里加撤军。此后俄罗斯又为东乌克兰同土耳其数次交锋，最终以俄罗斯胜利而告终，第聂伯河东岸的东乌克兰正式并入俄罗斯版图。

在俄罗斯刚刚结束同波兰的战争后，俄罗斯内部又出现新的内乱。因为连年征战，俄罗斯国库基本上已经空空如也。阿列克谢只好下令追加征税，同时因为金银货币紧缺，在俄罗斯历史上首次开始发行铜币。1662年，当通货膨胀增长数十倍时，莫斯科城中民众开始武装暴动，史称"铜币暴动"。沙皇费了好大力气把暴动镇压下去，次年下诏撤销了发行铜币的命令。

顿河哥萨克首领斯捷潘·拉辛率领哥萨克骑兵，又在南方开始了反对沙皇的武装起义。拉辛此前以骁勇善战而闻名，曾率领哥萨克骑兵，长途奔袭击波斯和俄罗斯里海沿岸的城市。1670年，拉辛带领骑兵向伏尔加河流域进发，先后攻克察里津（今伏尔加格勒）、阿斯特拉罕、萨拉托夫、萨马拉等数座重镇，并征集了有鞑靼人、莫尔多瓦人、楚瓦什人参加的庞大的哥萨克骑兵队伍。沙皇阿列克谢派兵前去征剿，在辛比尔斯克（今乌里扬诺夫斯克）附近战役中，拉辛被击败，逃回南方草原。次年拉辛被哥萨克酋长捕获，解押到莫斯科，同年6月6日被砍头。

沙皇阿列克谢执政期间，采取了一系列措施巩固中央集权，颁布了1649年法典。在当时这是一部相当完备的法典，共分25章967条，对当时俄罗斯社会生活中的各种现象的处理办法做出明确的规定。这部法典广为流传，一年的时间里曾三次重版，在俄罗斯各地的发行数量达到了1173份，这在当时是一个比较庞大的数字了。

此外阿列克谢还着手完善了政府机构，组建了秘密衙门、粮食衙门、雇佣骑兵衙门等政府部门，组建了统计署，在俄罗斯各地建立了完善的税收体制。阿列克谢执政期间，俄罗斯还建立了第一所学校，第一个慈善机构，第一个孤儿院等社会机构。

沙皇阿列克谢曾两度大婚，第一个妻子是来自名门世家的米洛斯拉夫斯基家族的玛丽娅，生有十三个子女，但是能够活到成年的只有费奥多尔和伊凡等；第二个妻子是纳塔丽娅·纳雷什金娜，生有彼得等三个孩子。

1676年1月29日，阿列克谢病逝于莫斯科。当天朝中大臣向皇子费奥尔多宣誓效忠，并拥戴他成为罗曼诺夫王朝的第三个沙皇。