安娜女皇病逝之后，根据遗诏，外孙伊凡，即她外甥女安娜·列奥波利多芙娜和布伦瑞克公爵安东·乌尔里希所生的儿子成为俄罗斯的新皇帝。两个月大的伊凡加冕成为伊凡六世，而安娜女皇的宠臣兼情人，库尔兰公爵比龙成为摄政王。

起初在所有的文告中，把襁褓之中的皇帝称为伊凡三世，也就是从伊凡雷帝算起；但这样产生混淆，比如当年彼得大帝同父异母的哥哥，伊凡五世就变成了伊凡二世，所以最后又改了回来，把皇位继承排序从留里克王朝的伊凡一世算起。在俄罗斯的历史文献中，伊凡六世的正式称呼是：伊凡六世（伊凡三世）安东诺维奇。
 
安娜女皇在病逝前，为指定谁来做皇帝，谁来做摄政王，颇头疼了一番。安娜的意思是，无论如何不能让彼得大帝的后人登上皇位。她把自己视为伊凡五世这一支系的继承人，那么俄罗斯的皇帝必须从伊凡五世这一支系的后人中产生。选来选去，安娜女皇还是决定让远嫁德国布伦瑞克的外甥女安娜所生的儿子做皇帝。

至于摄政王，起初确实曾考虑让伊凡的生父，布伦瑞克公爵乌尔里希来担任。可是这位德国公爵来俄罗斯出任摄政王，在政治上风险太大，所以最后还是决定让自己的老情人比龙在日后辅政。比龙的权势在此时达到了顶峰：官拜封摄政王，封号库尔兰公爵，还兼任秘密刑讯衙门长官。安娜女皇在遗诏里还规定，皇位继承的顺序应该是伊凡，然后是外甥女安娜·列奥波利多芙娜所生子嗣，各自按照长幼次序继承王位。在这样一番苦心安排后，安娜女皇撒手人寰。

伊凡六世登基不到两个礼拜，皇宫禁军首领米尼赫率领禁军，发动政变，逮捕了摄政王比龙。此后米尼赫在名义上拥戴伊凡六世的母亲，安娜·列奥波利多芙娜担任摄政王，但众人清楚，孤儿寡母如何能统治国家，实权还是掌握在米尼赫等禁军将领手中。

米尼赫掌权后不久，即被奥斯特尔曼伯爵推翻，米尼赫被撤销官职，贬为庶民。奥斯特尔曼伯爵出任新的摄政王。但不出一年，再次发生宫廷政变，这一次是彼得大帝的女儿伊丽莎白发动政变，不仅仅是推翻了奥斯特尔曼，连同一岁多点的小皇帝及其母亲等人统统逮捕，加以关押，伊丽莎白自己登上了俄罗斯皇帝位。

伊丽莎白登基后，面临的第一件事就是如何处理伊凡六世。最初打算是将"布伦瑞克家族"驱逐出俄罗斯，但是后来担心反对伊丽莎白的势力将打着伊凡六世的旗号，在境外从事反俄活动，于是自1742年起，秘密将伊凡六世关押在不同地点，最后的关押地点成为靠近北极苦寒之地的霍尔莫格雷，即如今阿尔汉格尔斯克州境内。在这个监狱里，伊凡六世被完全与世隔绝。

尽管这样，伊丽莎白还是担心有可能发生的政变，对伊凡六世仍不放心。1756年，伊凡六世又被押到圣彼得堡附近的施吕瑟尔堡（今彼得要塞）监狱。在施吕瑟尔堡，伊凡六世仍旧被关在单间牢房里，与世隔绝，不允许他和任何人接触，在整个关押期间没有见到过一个人，其中也包括狱卒。但另有历史文献表明，在施吕瑟尔堡监狱，忠于伊凡六世的人组织了他的学习和生活，给他讲述了他的身世，教他学会了读书写字。自幼年起的关押生活使伊凡六世不但丧失了正常的表达能力，更神经失常，1762年伊丽莎白亲自前往施吕瑟尔堡探监时也证明了这一点。

伊丽莎白给监狱长官下了一道密旨：只要一旦有人企图劫狱，救出被关押的伊凡六世，狱卒的第一件事就是先杀死伊凡六世，总之不允许伊凡六世活着离开施吕瑟尔堡监狱。应该说，伊丽莎白的这个做法还是很有先见之明的。

自从伊凡六世被转押到施吕瑟尔堡监狱后，支持伊凡六世的贵族们就开始暗中策划解救他，然后自然就是迎伊凡复位；如果复位不成，至少也要把他救到国外去流亡。这个计划一直持续到了1764年，当时已是叶卡捷林娜二世在位。

1764年，施吕瑟尔堡的看守人员中有一位叫做米罗维奇的少尉军官，担任了解救行动的主要执行者。当日米罗维奇值班，他说服了部分狱卒，发动武装暴动，包围了监狱，试图解救伊凡六世。在危急关头，监狱长官拿出当年伊丽莎白的密旨，先是当众宣读，然后奉旨处死了伊凡六世。这一转折根本出乎众人意料之外，谁也没想到伊丽莎白竟然留有这样一手，米罗维奇等人顿时手足无措，解救行动就此流产。

此后米罗维奇被逮捕，押解到圣彼得堡，以叛国罪被砍头。

伊凡六世遗体被埋葬在施吕瑟尔堡附近，但具体位置不详。伊凡六世是俄罗斯君主中唯一下葬地址不明的人，至今他的残骸仍没有被找到。