「あげる」は「やる」の謙譲語で、自分が相手に何かを与える行動をへりくだる意味になります。

そのため、「花に水をあげる」は、自分の地位を下げて「花」に尊敬の気持ちを表していることになりますので、「花に水をやる」が正しいと言えます。

しかし、「やる」ではぶっきらぼうで不遜な印象もあるため使いづらいという一面もあります。

「花に水をあげる」は、「花」に敬意を払う言葉を使っているわけではなく、自分をへりくだる「あげる」を使っているだけですので、厳密には誤りとは言えません。

本人が「花」に対してへりくだることで丁寧さを表したいのであれば問題ありませんし、むしろ一般的にもよく使われます。

この言い方がどのような意味を持つかどうかを知っておくことに意味があります。