どちらも相手方の会社を指して言う時の尊敬の表現で、意味に違いはありません。

しかし、「御社」は話す時、「貴社」は書く時に使用するのが一般的です。

「貴社」を口頭で伝えると「キシャ」となり、「記者」「汽車」など同じ読みで意味が違う言葉がいくつかあり、まぎらわしいためです。