С древних времён в Синьцзяне началось распространение буддизма, христианства, точнее несторианства, (в Китае его называют ?цзинцзяо?), манихейства и ислама. Поэтому Синьцзян это место, где сосуществуют четыре большие религии.
В первом веке буддийская религия проникла на Восток через Синьцзян, по Шёлковому пути. А несторианство является одним из течений христианства. Оно пришло в Синьцзян в VI в. Археологи обнаружили в древнем Синьцзяне не только сам факт распространения несторианства, но и то, что именно здесь существовал центр этой религии. Когда несторианство в 431 г. было определено как ересь, несториане стали расселяться к востоку от Византии. Впоследствии, с проникновением ислама в Синьцзян, несторианство сошло с исторической сцены. В 694 г. в Китай проникло манихейство. С XIX в. в пещерах Могао, в районе Турфана были обнаружены книги и тексты, связанные с манихейством. Манихейство широко распространялось в северо-западной части Китая и имело большое влияние. В середине X в. ислам проник в Каши по Шёлковому пути. В XVI и XVII вв. Он уже охватил весь Синьцзян. В настоящее время в Синьцзяне проживают 10 национальных меньшинств: уйгуры, казахи, хуэйцы, узбеки, киргизы, таджики, татары и др. Все они исповедуют ислам.